Международная группа ученых впервые просеквенировала геном миксин — единственного семейства черепных, для которого до сих пор не было референсного генома. Новые данные помогут лучше понять эволюцию черепных, в том числе позвоночных животных. Исследование опубликовано в журнале Nature Ecology & Evolution.
Миксиновые — это семейство примитивных черепных животных. Их особенность в том, что у них нет позвоночника и плавников, но есть череп и хорда. Миксины обитают в глубоких водах океана и занимают важную экологическую нишу: они являются падальщиками.
До сих пор миксины оставались единственным семейством черепных, для которого не было референсного генома. Это было связано с тем, что геном миксин просто трудно прочитать: он состоит из большого числа микрохромосом, в которых много повторяющихся последовательностей. Кроме того, в клетках организма со временем теряются некоторые микрохромосомы, поэтому полный их набор доступен только в клетках половых органов животных.
Международная группа ученых, в которую вошли специалисты из более чем 30 учреждений из 7 стран, впервые прочитала геном миксины вида Eptatretus burgeri. Она обитает в Тихом океане возле побережья Восточной Азии. Ученые использовали метод Hi-C, который позволяет проанализировать структуру хромосом, и собрали данные, объем которых в 400 раз превышает геном миксины. Это позволило более точно собрать первый геном этих животных.
Новые данные имеют важное значение для ученых из сферы эволюционной биологии. Они могут сравнить геномы миксин и позвоночных, чтобы понять, как происходила их эволюция. Так, например, один из волнующих вопросов — геномные дупликации, при которых геном копировался хотя бы один раз. Известно, что у последнего общего предка всех позвоночных геном был дублирован как минимум однажды, однако неясно, как давно это было.
